Aplikacje testujące i profilaktyczne
 
Istnieje wiele łatwo dostępnych programów, służących do testowania powierzchni dysku i wykrywania błędów. Przykładem takiej aplikacji może być Data Lifeguard firmy Western Digital. Działanie programu Data Lifeguard polega na tym, że automatycznie testuje on cały obszar danych na dysku raz na 8 godzin pracy – odpowiada to mniej więcej jednemu dniu pracy typowego napędu dyskowego. Błędy wykryte przez Data Lifeguard podczas testowania mogą zostać naprawione; można też dokonać realokacji uszkodzonych sektorów.
 
Odbywa się to zanim jeszcze system zechce skorzystać z wolnego obszaru, w którym leżą te sektory. Program działa bez interwencji użytkownika, wykorzystując okresowe braki aktywności. Jeżeli podczas działania programu użytkownik wykonuje jakieś operacje, testowanie zostanie po prostu zawieszone, a odczuwana przez niego wydajność całego systemu nie ulegnie pogorszeniu. Podczas testowania powierzchni dysku Data Lifeguard stosuje różnego rodzaju algorytmy odzyskiwania danych i naprawy błędów, dzięki czemu program może przenosić dane z uszkodzonych lub pogarszających się obszarów dysku do obszarów sprawnych.

Dodatkową zaletą tej metody działania jest to, że jeżeli równocześnie z Lifeguardem działa SMART, to testowanie dysku zapewnia znacznie lepszą analizę statystyczną i bardziej dokładne prognozy co do stanu dysku.

Narzędzia systemowe

Ważną czynnością jest defragmentacja dysku. Jest to proces mający na celu fizyczne uporządkowanie struktury katalogów i plików na dysku twardym w ten sposób, aby system operacyjny miał do nich jak najszybszy dostęp.

Przyspieszy to działanie dysku twardego i, co za tym idzie, całego systemu. Poza tym oszczędza mechanizmy dysku, gdyż ramię nie musi bezustannie przemieszczać się nad talerzami w poszukiwaniu potrzebnych danych. Do defragmentacji dysku wykorzystuje się program Defragmentator. Jego obsługa jest prosta – ogranicza się do wybrania litery dysku, który chcemy defragmentować, i potwierdzenia OK. Przycisk „Zaawansowane...”, ujawniający się podczas przerwania procesu klawiszem „Esc”, zawiera opcje pozwalające wybrać jedną spośród trzech metod defragmentacji.

Program ma również opcję sprawdzania dysku na występowanie błędów. Proces defragmentacji jest długotrwały (zależy od rozmiarów dysku twardego oraz od stopnia fragmentacji jego zawartości).

Następną formą dbania o dysk twardy jest korzystanie z programów diagnostycznych typu ScanDisk. Programy tego typu sprawdzają poprawność plików folderów, odszukują fragmenty utraconych plików, sprawdzają pliki na występowanie nieprawidłowych nazw, dat i godzin, wykrywają skrzyżowane pliki oraz skanują powierzchnię dysku twardego na wypadek występowania uszkodzeń fizycznych (tzw. bad sectors).

Program MS ScanDisk, w który wyposażony jest system Windows 98, znajduje się w tym samym miejscu, co opisywany poprzednio Defragmentator.

Po uruchomieniu i wybraniu odpowiedniej litery przypisanej napędowi ScanDisk wykona szereg testów oraz spróbuje dokonać ewentualnych napraw w strukturach katalogów i plików, a uszkodzenia wykryte jako fizyczne zostaną zaznaczone tak, aby żaden program nie starał się ich w przyszłości wykorzystać. Do wyboru są dwa rodzaje testowania: standardowy, w którym sprawdzana jest poprawność plików i folderów, oraz dokładny – który po teście standardowym skanuje powierzchnię dysku w poszukiwaniu błędów. Opcje programu dają do wyboru możliwość skanowania jednocześnie obszarów systemowych i obszarów danych lub każdego z tych obszarów osobno.

Można również wyłączyć proces testowania zapisu i naprawiania uszkodzonych sektorów w plikach ukrytych i systemowych. Ustawienia zaawansowane pozwalają modyfikować m.in. takie opcje, jak: wyświetlanie podsumowania, zawierającego informacje o dysku oraz zestawienie wykrytych i poprawionych błędów (wyświetlane po zakończeniu procesu sprawdzania dysku); generowanie pliku dziennika (jest to szczegółowy raport z sesji programu ScanDisk zapisywany w pliku SCANDISK.LOG w katalogu głównym dysku systemowego); postępowanie z plikami wykorzystującymi ten sam obszar dysku (tzw. skrzyżowanymi) oraz z fragmentami utraconych plików. Program ten jest uruchamiany automatycznie za każdym razem, gdy system zostanie nieprawidłowo zamknięty.
 
Boot - manager-y
 
Podzielenie twardego dysku na partycje może przynieść szereg doraźnych korzyści, od łatwiejszego zarządzania strukturą dysków i katalogów, do możliwości instalowania innych równorzędnych systemów operacyjnych. Aby jednak wygodnie nimi dysponować potrzebne są programy, które będą trzymać nadzór nad całością i pozwolą efektywnie zarządzać przestrzenią dyskową.
 
Rolę taką pełnią Bootmanagery które zależnie od rodzaju, oferują różne mniej lub bardziej przydatne możliwości, którymi należy kierować się przy ich wyborze, tak aby maksymalnie dopasować możliwości programu do własnych wymagań i oczekiwań.

Główne zalety jakie mogą cechować tego typu programy to:

• Umiejętność zarządzania partycjami – czyli możliwość dzielenia dysków na partycje i oznaczania jednej z nich jako aktywną, tzn. tą z której będzie uruchamiany system po włączeniu komputera.
• Funkcjonalność programu – to przede wszystkim umiejętność współpracy z możliwie wieloma systemami różnych plików, takich jak: NTFS, FAT 16, 32 (DOS, Windows), HPFS (OS/2) czy Ext2fs (Linux) oraz umiejętność wzajemnej ich konwertacji z jednego na drugi. Umiejętność uruchomienia programu z dyskietki przydatna w przypadku zarażenia lub uszkodzenia sektora MBR przez wirus a także możliwość utworzenia z poziomu programu dyskietki startowej.
• Interfejs - czyli łatwość i wygoda obsługi programu najlepiej za pomocą graficznych okienek.

Oto niektóre z takich programów:  Beret's System Loader, Bootmanager 98/200 Supra, Bootmanager ++, BootIt, Boot Menu, Bootstar, Do it Bootmanager, FODisk, Grub, LILO, MasterBooster, NTLoader, OS/2 Boot, Manager, Paragon Festplatten-Manager, Partition Magic, Ranish Partition Manager, System Commander Deluxe, Vamos, Win Bootmanager

Przed rozpoczęciem pracy z partycjami jak i w trakcie, należy jednak zachować dużą ostrożność, gdyż łatwo można spowodować utratę wszystkich zgromadzonych na dysku danych. Dlatego też zaleca się, aby zawsze mieć kopię najbardziej istotnych informacji zgromadzonych na modyfikowanych dyskach fizycznych, gdyż nigdy nie wiadomo czy po przepartycjonowaniu dysku, znajdziemy je jeszcze nienaruszone na dawnym miejscu.